Le territoire a fortement évolué ces dernières années, passant de 7 communes urbaines en 2010 à 47 communes urbaines, péri-urbaines et rurales suite à différentes fusions d’intercommunalités et aux demandes d’adhésion de nouvelles communes.

Ainsi le 1er janvier 2011, la création de la nouvelle communauté d'agglomération Chartres Métropole (fusion de la communauté de communes de l'Orée de Chartres, de la communauté de communes du Val de l'Eure et de l'ancienne Chartres Métropole) permet l’intégration de Saint-Prest dans l’agglomération.

20 nouvelles commune ont finalement intégré l'agglomération au 1er janvier 2018.

Le périmètre de Chartres métropole s’étend depuis le 1er janvier 2018 à 66 communes.

L’appartenance à un même bassin de vie, d’emploi et d’activités a déterminé les communes à se regrouper au sein d’une même structure intercommunale répondant au quotidien de leurs habitants.

La commune est entièrement traversé par le cours de l'Eure, sur une longueur d'à peu près 5,2 km dont 800 m environ comme limite séparative avec la commune de Champhol. Sur ce parcours, l'Eure reçoit à droite, un affluent de peu d'importance, drainage de la grande plaine de Beauce, qui prend sa source à Sours et vient se perdre dans la rivière, en face du village de Saint-Prest en aval du moulin de Plateau. Ce petit cours d'eau est connu à Saint-Prest sous le nom de rivière d'Oisème ou Souriette, il porte aussi le nom de Roguenette ou Raguenette, à cause d'un moulin détruit depuis longtemps, qui se trouvait à l'extrémité de la commune sur la limite de celle de Gasville.

Le territoire de Saint-Prest comprend plusieurs hameaux, dont les principaux sont : la Villette, le Gorget, la Forte-Maison, les Moulins-Neufs, la Roche, les Falaises et la Pierre-Percée.